A John Malkovich menet abszurd történetének alaphelyzetében főhősünk, Craig (John Cusack) egy csatornát fedez fel nevezett színész testébe. Ezt a lehetőséget kihasználva különleges „utazási irodát” nyit, ahol a résztvevők némi fizetség ellenében negyedórára megfeledkezhetnek ügyes-bajos dolgaikról, és egy nagy ideál szemén keresztül tekinthetnek a világra. Kézenfekvő lenne azzal magyarázni a filmet, hogy a „15 perc hírnév” frázisára reagál, ennek egy igen egyéni megközelítésével, a következőkben azonban pontosan azt igyekszem bebizonyítani, hogy a filmnek nem ez a legfőbb célkitűzése.
Ha elfogadjuk, hogy a film csakugyan azt az izgalmat akarja prezentálni, amit egy hírneves személy helyzetével való azonosulás jelent, akkor eltekintünk attól a jelentékeny tényezőtől, hogy a filmben egyedül csak John Malkovich-ot nem ismerjük meg igazán. Szinte semmit nem tudunk meg az életéről azon túl, hogy számos embertársához hasonlóan ő is étkezik, szeretkezik, valamint rendkívül nyugodt hangon beszél. Vajon, miért látom John Malkovich-ot a legáltalánosabb emberi szituációkban: tükör előtt állva nyakkendőt igazítani, taxiban ülve, főzés vagy telefonálás közben? Ha nekem, mint nézőnek azt kéne megállapítanom, hogy milyen érzés John Malkovichnak lenni, akkor miért nem tipikusan olyan helyzetben látom, amelyet John Malkovich-tól elvárnék? Vagy ha az a cél, hogy rávilágítson: John Malkovich épp olyan ember, mint én, akkor miért nem ismerem meg az érzéseit, gondolatait? Egy szóval hol van maga John Malkovich A John Malkovich menetben?
A narratív nézőpontok vizsgálata közben megfigyelhetjük, hogy legkevésbé Malkovich álláspontjával azonosulhatunk, hisz még azokban a jelenetekben is, amikor elvileg az ő agyában járunk, az épp benne lévő szereplő perspektívájából látjuk az eseményeket. Azt figyelhetjük meg, ahogyan az ő testében, az ő szemén keresztül más emberek látnak, és ahogyan ők erre a szokatlan helyzetre reagálnak. John Malkovich nem más, mint egy szűrő, amely ugyan átengedi magán a tekinteteket, de fel is fog belőlük: lehántja róluk a nézőpont szubjektivitásának számos rétegét.
A legmarkánsabban ez a jelenség Craig feleségének, Lotténak (Cameron Diaz) Malkovich-ba való utazása során jelentkezik. Lotte hirtelen férfinak kezdi érezni magát, és beleszeret egy másik nőbe. Olyan dolgok kezdik éltetni, amelyekre azelőtt gondolni sem mert. Nemcsak a társadalmi elvárások vagy a neveltetés korlátozta ebben, hanem a saját magáról alkotott kép. Amíg nem láthatta a világot ezen a különleges szűrőn át, amíg nem szabadulhatott meg gondolatainak, életének megszokott szabályaitól, magát sem ismerte igazán. Személyiségének számos szegmense maradt ezidáig feltáratlan. Mennyire szubjektív is a nézőpont? Amikor Lotte először jön ki Malkovich-ból, azon morfondírozik, vajon ő maga volt bent, és saját érzéseit élte, vagy Malkovich-csá – és ezáltal férfivá – vált. Ez a film egyik nagy kérdése. Vajon azok, akik bemennek, önmaguk maradnak, vagy Malkovich-csá válnak?
Erre a kérdésre szélsőséges felelet Craig esete, aki egy idő után teljesen átveszi az uralmat Malkovich felett, és élő bábként használja őt. Főhősünk legbelsőbb vágyait, érzéseit egyébként is bábjain keresztül tudta kifejezni, de a vágyak beteljesülését eleddig kevéssé várhatta játékaitól. Bábozásának főbb motívumai épp arról mesélnek, hogy a figura rájön kreált tárgyi mivoltára, és ez a kiszolgáltatottság, létének megkérdőjelezése végtelen haragra gerjeszti. Azonban John Malkovich testében, az ő lehetőségeit kihasználva Craig vágyai végre beteljesülhettek (és ettől meg is kopott kissé eredeti személyisége). Végül azonban Malkovich testében sem akart vele azonosulni, bábos maradt továbbra is. Tulajdonképpen senki nem akart John Malkovich lenni. Lotte is leginkább csak saját magát fedezte fel az utazás által. Miért élik ezt meg mégis olyan hatalmas élménynek, hogy újra és újra vissza akarjanak menni? Az újfajta érzékeléssel megváltozik az is, ahogy magukra és életükre tekintenek, megszűnik saját nézőpontjuk elsődlegessége, így gyakorlatilag az identitásukat és egy új valóságot vásárolnak meg ezzel az úttal. Nem lehetséges, hogy ez utalás akar lenni egy olyan világra, ahol sötétben ücsörögve, a véget nem érő vászon előtt úgy érezhetem, hogy újabb és újabb nézőpontokkal ismerkedhetek meg, ahol ismeretlen szituációkba helyezkedhetek, tőlem különböző emberekkel azonosulhatok, és tőlem idegen problémákkal szembesülhetek? Nem egyértelmű célzás ez a vetítőterem izgalmas szférájára?
A John Malkovich fejéből kitekintő jelenetek olyanok, mintha egy látcsövön keresztül nézném a világot. Vagy másképp szólva: mintha a kamera szemén át néznék. Azt az érzést kelti a nézőben, hogy a világot nem közvetlenül, hanem valami által látja. A némafilmek egyik kedvelt eszközét megidézve a kép szélei elsötétülnek, kettős keretet létrehozva, amely felhívja a figyelmet az apparátus jelenlétére. A filmtörténet olyan korai korszakának módszerét alkalmazza tehát, amelyben a kamera nyújtotta megfigyelés épp annyira új és izgalmas dolog volt, mint a John Malkovich menet szereplői számára az új test. A voyeur nézőpontja ez, a megfigyelőé: konkrét esetben azé, aki épp John Malkovich agyában van, általánosságban véve viszont magáé a nézőé. A John Malkovich-ból való kitekintés, hétköznapjainkból való apró kitérés ugyanazt az emberi tulajdonságot aknázza ki, mint a mozgókép: a kíváncsiságot. A filmi önreflexivitás nemcsak a megfigyelés felemelő érzését mutatja be, hanem az azonosulás káros következményeire is felhívja a figyelmet. A film szereplői mind frusztrált és boldogtalan karakterek, akiknek nemcsak új perspektívára, hanem új életre is szükségük lenne. A szürke hétköznapokat élő motiválatlan emberek moziba menekülésének metaforái ők, akik kietlen életükben nem találnak élményeket, így beszippantja őket a vászon illuzórikus tere, amely annyi jóval kecsegtet. Így jár Lotte, aki női testben hirtelen férfinak érzi magát, de leginkább Craig, aki Malkovich-ban egyedül mániákus bábozását őrzi meg valahavolt énjének. Miközben kudarcokkal teli életével leszámol, megfeledkezik korábbi univerzumáról és a nőről, Maxine-ról, aki után annyira vágyakozott.
Craig komolyan veszi a szerepét (mint egykor bábjaival is tette), lubickol benne, s közben észrevétlenül el is tűnik. Mire Malkovich-ból kikerül, már képtelen saját testében, saját környezetében egészséges életet élni, így újabb gazdatestet keres. Az utolsó képsorok alatt kétségbeesett hangját halljuk, ahogy új „otthonában” Maxine-t szólítja; bentről, a messzi távolból, ahonnan soha el nem érheti. Ez a súlyos identitásvesztés, létének darabokra hullása lett a büntetése, amiért más életét bitorolta. A John Malkovich menet végeredményben kettős céllal rendelkezik: megmutatni a mozi hihetetlen erejét, egyszersmind rámutatni, hogy csak mértékkel fogyasztható.